現在都内には、以下13の特定機能病院があります。
杏林大学医学部付属病院： 東京都三鷹市新川六丁目20番2号
慶應義塾大学病院： 東京都新宿区信濃町35番地
国立がんセンター中央病院： 東京都中央区築地五丁目1番1号
順天堂大学医学部附属順天堂医院： 東京都文京区本郷三丁目1番3号
昭和大学病院： 東京都品川区旗の台一丁目5番8号
帝京大学医学部附属病院： 東京都板橋区加賀二丁目11番1号
東京医科歯科大学医学部附属病院： 東京都文京区湯島一丁目5番45号
東京女子医科大学病院:東京都新宿区河田町8番1号
東京慈恵会医科大学附属病院： 東京都港区西新橋三丁目19番18号
東京大学医学部附属病院： 東京都文京区本郷七丁目3番1号
東邦大学医療センター大森病院： 東京都大田区大森西六丁目11番1号
日本医科大学付属病院： 東京都文京区千駄木一丁目1番5号
日本大学医学部附属板橋病院： 東京都板橋区大谷口上町30番1号
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